История предприятия началась в 1972 году с создания проектного отделения в составе ЦПКТБ «Азчеррыба».
В 1990 году проектное отделение выделилось из состава ЦПКТБ «Азчеррыба» в качестве филиала Киевского государственного проектно-изыскательного института, а 6 декабря 1991 г. филиал реорганизовался в самостоятельный институт – ГП СПКИ «Югрыбпроект».
Коллективом ГП СПКИ «Югрыбпроект» создано ООО НПКП «Югрыбпроект», которое с 1 июня 2005 г. является правопреемником ГП СПКИ «Югрыбпроект».

С мая 1998 г. предприятием руководит Голоносова Светлана Николаевна, которая является членом Регионального отраслевого Совета предпринимателей по вопросам экологии.

Предприятие состоит из следующих производственных подразделений, которые возглавляют опытные специалисты, имеющий большой опыт в проектных разработках:

- группа главных инженеров проекта;
- группа строительного проектирования и архитектуры;
- группа по проектированию инженерного обеспечения;
- группа технологического проектирования;
- группа по выпуску проектов;
- группа по разработке ОВОС и других вопросов экологии.

За эти годы деятельности предприятием разработаны проекты около 300 объектов основного производства и инженерного обеспечения: рыбоконсервные заводы, цеха рыбообработки и марикультуры, холодильники промышленного и коммерческого холода, отдельно стоящие и встроенные холодильные камеры, машинные отделения холодильников, котельные, очистные сооружения, системы оборотного водоснабжения и водоподготовки, системы теплоснабжения, технологическое и нестандартизированное оборудование, установки очистки дымовых выбросов, завод полимерной тары, деревообрабатывающие заводы, нефтебазы и склады нефтепродуктов, судоверфи и цеха металлообработки, объекты строительства гражданской и социальной сферы: жилые дома, торговые комплексы, кафе и т. д.
Вышеперечисленные объекты построены и функционируют в городах: Севастополе, Киеве, Керчи, Очакове, Темрюке, Бердянске, Мариуполе, Полтаве, Тбилиси, Москве, Калининграде, Воронеже и др. населенных пунктах Украины и стран СНГ. 
Выполнены работы по техническому обследованию и паспортизации более 50 объектов в соответствии с Постановлением КМУ № 409 от 05.05.1997 г.
           

Наше предприятие неоднократно участвовало в разработке проектно-сметной и конструкторской документации объектов коммунальной собственности нашего города. В 2000 г. нами выполнена проектно-конструкторская документация на новые виды природоохранной техники (3 установки), предусмотренные городской программой развития. Осуществлялся авторский надзор за изготовлением опытных образцов. В 2007 г. согласно письму ГУ ЖКХ СГГА выполнена проектно-сметная документация на капитальный ремонт аварийных конструкций жилых домов (35 объектов). Осуществлялись сопровождение государственной экспертизы и авторский надзор за капитальным ремонтом.

В 2007 – 2008 г.г. предприятием ООО «НПКП «Югрыбпроект» разработан проект на строительство жилого комплекса «Никитский дворец», признанный лучшим проектом Крыма в сфере элитной недвижимости согласно журналу Building. Внешний облик Дворца уникален. За эклектичным фасадом XIX века видится последнее слово строительных технологий, воплотившееся в оригинальных архитектурных решениях. Сегодня это элитное жилье в Крыму самого высокого класса, в роскошном дворцовом стиле и с богатой внутренней инфраструктурой.

В 2008 г. предприятием ООО «НПКП «Югрыбпроект» разработан проект на строительство холодильного комплекса «Айс Терминал» вместимостью 20 тыс. тонн единовременного хранения. В 2009 г. он введен в эксплуатацию. Холодильный комплекс «Айс Терминал» занесен в Книгу Рекордов Украины в категории «Бизнес и технологии», как самый крупный и самый современный холодильный комплекс Украины.

22 ноября было открытие логистического центра "АРКТИКА", генеральным проектировщиком которого является предприятие ООО НПКП «Югрыбпроект». Объект «Рыбная ярмарка и комплекс по хранению, производству продуктов питания» (г.Киев, ООО «Логистик центр «Скандинавия») включает в себя: административно-таможенное здание, торговый зал с рыбообрабатывающим цехом, кафе, парковку, холодильник вместимостью 20 тыс. тонн единовременного хранения. В строительство этого центра компания "Скандинавия" инвестировала около 35 млн. долларов. 

В наступающем 2012 г. предприятие ООО «НПКП «Югрыбпроект» отпразднует юбилей −  20 лет после реорганизации в самостоятельное предприятие.